Hotel Fanø er oprindeligt en gammel søfartsskole, som blev bygget tilbage i starten af 1980’erne. Søfartsskolen var et større skolekompleks på over 5.200 m2, inklusive de to elevfløje med i alt 50 værelser. I 1982 startede der 112 elever, hvilket var 12 flere end skolen var beregnet til, men man havde ombygget et par rum, så der var plads til alle.Søfartsskolen lukkede i 2004, og bygningerne blev efterfølgende brugt som efterskole indtil 2014.I 2015 rykkede Fanø Vadehav Center ind i bygningerne, hvor de anlagde et stort hotel- og konferencecenter, som de dog måtte indstille driften af efter blot et år. Bygningerne blev efterfølgende adskilt, og hotellets nuværende lokaler blev i 2018 opkøbt af en lokal investorgruppe, som sidenhen har bortforpagtet selve driften af hotellet. I dag fungerer bygningen som et hotel og er vært for både gæster, der ønsker at udforske øen, samt arrangementer som bryllupper og større grupper.