Hotel Fanø har til huse i en tidligere søfartsskole fra starten af 1980’erne. Skolen var et større kompleks med 50 værelser og lukkede i 2004, hvorefter bygningerne blev brugt som efterskole frem til 2014.I 2015 blev der etableret hotel- og konferencecenter i bygningerne, og siden 2018 har hotellets nuværende del været ejet af en lokal investorgruppe, som står bag driften. I dag fungerer stedet som hotel med både ferieophold og arrangementer som bryllupper og større selskaber.